Пятигорская епархия образована определением Священного Синода Русской Православной Церкви 22 марта 2011 (журнал № 13).
Однако на протяжении предшествующего века Пятигорск уже становился центром церковной жизни.
Титул – Епископ Пятигорский – появляется впервые 22 октября 1910 года, когда в помощь епископу Владикавказскому и Моздокскому Агапиту (Вишневскому) был хиротонисан во епископа Пятигорского, викария Владикавказской и Моздокской епархии, настоятель Белыничского Богородицкого монастыря Могилевской епархии архимандрит Арсений (Смоленец, 1873-1937).
17 апреля 1912 года епископ Арсений становится епископом Старицким, викарием Тверской епархии. А на его место назначается епископ Алавердский, викарий Грузинской епархии Давид (Качахидзе, 1872-1935). Пятигорское викариатство епископ Давид возглавлял до 14 февраля 1914 года, когда был назначен на Винницкое викариатство Подольской епархии. На нем закончилась история Пятигорского викариатства Владикавказской епархии.
В 1916 году регион Кавказских Минеральных Вод входит в состав преобразованной Кавказской и Ставропольской епархии (до того - Ставропольской и Екатеринодарской).
В 1922 году учреждается Пятигорское викариатство Ставропольской епархии и в ноябре 1922 года в Пятигорск назначается епископ Вольский, викарий (единоверческий) Саратовской епархии Иов (Рогожин, 1883-1933) с титулом "Епископ Пятигорский и Прикумский". Пятигорское викариатство Ставропольской епархии просуществовало до 27 ноября 1925 года.
27 июня 1927 года учреждается самостоятельная Пятигорская епархия и первым епископом Пятигорским назначается архиепископ Астраханский Фаддей (Успенский, 1872-1937). Но архиепископ Фаддей в это время находится под арестом в Кузнецке Саратовской области и приступить к своим обязанностям не может.
27 ноября 1927 года на Пятигорскую кафедру назначается архиепископ Димитрий (Добросердов, 1865-1937). Архиепископ Димитрий находится под негласным надзором сотрудников ОГПУ, поэтому он не живет в Пятигорске, а поселяется в Кисловодске в одном из домов в Ребровой балке и служит в Пантелеимоновской церкви Кисловодска.
31 января 1929 года архиепископ Димитрий назначается на Костромскую кафедру. Его преемником становится епископ Вятский Никифор (Ефимов, 1888-1937). 15 декабря 1930 года епископ Никифор был уволен на покой в связи с арестом, приговорен к 10 годам исправительно-трудового лагеря, а 26 августа 1937 года приговорен к смертной казни и 1 сентября 1937 года расстрелян.
15 декабря 1930 года архиепископ Минский Павел (Вильковский, 1870-1933) был назначен на Пятигорскую кафедру, которую возглавлял до мая 1932 года. В феврале 1933 года был арестован и этапирован в город Ростов-на-Дону, во время следствия содержался в ДПЗ ПП ОГПУ СКК.
Владыке Павлу было предъявлено обвинение в том, что: "а) будучи членом нелегального "Южно-Русского Синода", осуществлял непосредственную связь через греческую миссию с зарубежным с "Братством Русской Правды" — Антонием Храповицким, получая от последнего практические указания в работе к/р церковно-монархической организации, литературу, денежные средства и т.д.; б) будучи одним из руководителей к/р церковно-монархической организации на СКК, принимал активное участие в создании повстанческой базы на Тереке, руководя непосредственно к/р повстанческой деятельностью Терского филиала организации; в) под его непосредственным руководством к/р ячейками на местах велась активная работа по развалу колхозов, по организации саботажа, хлебозаготовок и сева; г) по его директиве велась активная пропаганда среди казачества о необходимости вооруженной борьбы с Советской властью, широко используя недовольство населения на почве продовольственных затруднений». 2 апреля 1933 был приговорен к расстрелу тройкой при ПП ОГПУ по Северо-Кавказскому краю и Дагестанской АССР по ст. 58-10, 58-11 УК РСФСР. Приговор был приведен в исполнение 7 мая 1933 года в Ростове-на-Дону.
С 27 июня по 19 сентября 1932 года Пятигорским Архиереем вновь является архиепископ Димитрий (Добросердов).
С 19 сентября по 28 октября 1932 года епископом Пятигорским числится Иоасаф (Жевахов, 1874-1934).
С 10 ноября 1932 года по 8 марта 1933 года управляющий Пятигорской епархией - епископ Петр (Савельев, 1887-1937).
8 марта 1933 года Пятигорская епархия обретает управляющего в лице епископа Мефодия (Абрамкина, 1883-1939). Уроженец Рязанской губернии, выпускник Киевской Духовной академии, кандидат богословия, служивший на приходах Рязанской епархии, в 1924 году был хиротонисан во епископа Раненбургского. викария Тамбовской епархии. Преосвященный Мефодий так полюбился пятигорчанам. что они на многие годы сохранили о нем добрую память. Постник, молитвенник, страдалец за веру — таким остался Владыка Мефодий в памяти знавших его людей. В 1936 году он возводится в сан архиепископа Пятигорского и Буденновского.
С октября 1937 г. в заключении. Расстрелян в 1939 году. Фактически с этого момента прерывается бытие Пятигорской епархии, территория которой вошла в 1943 году в состав Ставропольской епархии.
22 марта 2011 года решением Священного Синода Русской Православной Церкви вновь образована Пятигорская епархия с названием Пятигорская и Черкесская. Правящим епископом назначен епископ Смоленский Феофилакт.
Среди архиереев Пятигорских трое причислены к лику святых в сонме новомучеников и исповедников Российских: священномученик Фаддей, архиепископ Тверской; священномученик Димитрий, архиепископ Можайский; священномученик Иоасаф, епископ Могилевский. Три архиерея были расстреляны, имея титул епископа Пятигорского: епископ Никифор, архиепископ Павел и архиепископ Мефодий.