29 мая 2018 года в кафедральном соборе святого благоверного великого князя Александра Невского в Таллине состоялся внеочередной Собор Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата. На Соборе состоялись выборы Предстоятеля Эстонской Православной Церкви.
В ходе тайного голосования Предстоятелем Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата был избран архиепископ Верейский Евгений, председатель Учебного комитета Русской Православной Церкви, ректор Московской духовной академии.
Архиепископ Пятигорский и Черкесский Феофилакт направил поздравление избранному Предстоятелю Эстонской Православной Церкви. В письме, направленном в адрес Владыки Евгения, в частности, говорится:
"Ваше Высокопреосвященство! Дорогой Владыка!
От всего сердца поздравляю Вас с избранием на высокий пост Предстоятеля Эстонской Православной Церкви!
Духовенство и паства Эстонии обрели доброго и мудрого пастыря. Искренне свидетельствую об этом, вспоминая годы Вашего ректорства в Ставропольской духовной семинарии. Ваши терпеливость и отеческая мудрость были для воспитанников образцом для подражания. Навсегда осталась в сердце благодать и радость священнической хиротонии, совершённой надо мной Вашим Высокопреосвященством.
Вся Ваша жизнь посвящена служению Матери Церкви. Пример этого служения Вы подавали нам, студентам Московских духовных школ. И эта наука помогает Вашим выпускникам на любом церковном послушании. Как и спокойствие, молитвенность, добродушие, человечность, скромность. Многие другие духовные добродетели и душевные качества, которыми Вы щедро делились со своими воспитанниками.
Молитвенно желаю Вам сил и помощи Божией на новом непростом, но важном послушании! Да укрепит Вас всещедрый Господь! Молюсь вместе со своей паствой о Вашем Высокопреосвященстве, о процветании и благополучии Эстонской Православной Церкви!"